Undersøgelse om SNP rs79783178 og SNP rs17042479 har indflydelse på reguleringen af FSTL5 og NAF1 vha. CRISPR/Cas9

Kasper Larsen, Sura Malik Falih Al-Bahadli & Julie Eleonore Nytoft

Studenteropgave: Bachelorprojekt

Abstrakt

I dette projekt er det undersøgt, om det er muligt ved hjælp af CRISPR/Cas9 at undersøge SNP rs79783178 og rs17042479 indflydelse på regulering af NAF1 og FSTL5. Single nucleotide polymorphisms (SNP) er en punktmutation (Ben-Ari & Lavi, 2012). Undersøgelser har vist, at der oftere ses tilfælde af colorectal cancer ved tilstedeværelse af SNP rs79783178 og rs17042479. SNP rs17042479 er placeret 4q32.2 ~240kb upstream af FSTL5 genet og ~720kb downstream af genet NAF1 og FSTL5 (Schmit et al., 2014). Selvom SNP’erne ikke er placeret op af NAF1 eller FSTL5 genet kan SNP’erne stadig have indflydelse på enhancere, grundet kromatinstrukturen kan der dannes et mediatorkompleks (Cox, O’Donnell, & Doudna, 2015). Da undersøgelser har vist, at både NAF1 og FSTL5 har relation til colorectal cancer er netop disse interessant i denne sammenhæng. Ved design af Guide-RNA og analyse af genomet i forbindelse med PAM område, vil teoretisk set CRISPR/Cas9 kunne undersøge om der er en sammenhæng mellem SNP’erne og genreguleringen. CRISPR/Cas-systemet er oprindeligt forsvarsmekanisme hos bakterier mod invaderende vira. Ved hjælp af Cas-komplekset kan bakterien kløve den invaderende virus’ DNA. Dette kan ved hjælp af modifikationer overføres til andre sekvenser, ved at ændre guide-RNA’et. Vi vil i vores forsøg undersøge om det er muligt for CRISPR/Cas9 at kløve genomet omkring SNP’erne og derved indsætte et stykke Donor-DNA ved hjælp af homolog rekombination.

UddannelserMolekylærbiologi, (Bachelor/kandidatuddannelse) Bachelor
SprogDansk
Udgivelsesdato18 dec. 2017
Antal sider34

Emneord

  • NAF1
  • FSTL5
  • SETDB1
  • SNP rs17042479
  • SNP rs79783178