Undersøgelse af proteinet YgfZ´s indflydelse på RimO´s thiomethyleringsaktivitet: Undersøgelse af proteinet YgfZ´s indflydelse på RimO´s thiomethyleringsaktivitet

Bodil Schifter Knuhtsen

Studenteropgave: Speciale

Abstrakt

Proteinet YgfZ har ansvaret for reparation af et [4Fe4S] kompleks i proteinet RimO, som står for en posttranskriptional thiomethylering af det ribosomale protein S12. Ved et knock out studie med E. coli, K12, MG1655, ønskes YgfZ´s indvirkning på RimO´s thiomethylering af proteinet S12 belyst. Hypotesen er at vildtype E. coli har fuldt thiomethyleret S12 protein, mens E. coli stammer med knockoutet RimO ikke har thiomethyleret S12 protein, og slutteligt har E. coli stammer med knockoutet YgfZ kun lidt thiomethyleret S12 protein. Dette er blevet undersøgt ved, at transformere et His-tag på S12-genet, så det derved kan oprenses og analyseres på ESI-HPLC-MS. Der har ikke været analyseret intakte proteiner på ESI-HPLC-MS-apparatet før på RUC. Derfor er det ønsket via dette speciale at implementere denne proteinanalyseteknik på RUC. Top-down måling på intakt protein har vist sig at være en udfordring p.gr.a. lav ”resolution” på ESI-HPLC-MS. Bottom-up proteomic teknikken skulle kunne lade sig gøre med nuværende apparat, men der er udfordringer med trypsineringsmetoden.

UddannelserAlmen Biologi, (Bachelor/kandidatuddannelse) KandidatKemi, (Bachelor/kandidatuddannelse) Kandidat
SprogDansk
Udgivelsesdato2 nov. 2017
Antal sider83
VejledereTove Atlung & Torben Lund

Emneord

  • RimO
  • S12
  • MS
  • ESI
  • HPLC