Flere fagfolk er rystede over, at Mobbenøglen anbefaler den såkaldte mæglingsmetode til at løse problemer med mobning i folkeskolen. Senest er Mobbenøglen blevet udsat for hård kritik i tidsskriftet Unge Pædagoger i en analyse, som to specialestuderende fra RUC står bag. Mobbenøglen, der skal vejlede lærere i at løse problemer med mobning, præsenterer to metoder, og anbefaler ikke den ene frem for den anden. Mæglingsmetoden går ud på, at mobber og offer med bistand fra læreren løser problemet uden at involvere den øvrige del af klassen. Klassemødemetoden, som de fleste eksperter anbefaler, inddrager derimod hele klassen og forældrene i løsningen af problemet.