Regeringen stiller detaljerede krav til, hvad de enkelte universiteter skal forske i gennem de næste tre år, og det mener oppositionen og Dansk Folkeparti er at gå for vidt. Det undrer ligeledes formand for bestyrelserne for de 12 universiteter Erik Bonnerup, at regeringen ikke har givet bestyrelserne den frihed, andre bestyrelser normalt har. - Den tætte statsstyring er aldrig set før, og det er et udtryk for, at regeringen har mistillid til, at universiteterne kan forvalte deres egne forhold, siger formand for Rektorkollegiet Jens Oddershede. Han og formand for bestyrelsen ved Aarhus Universitet, Jens Bigum, mener, at styringen er i strid med intentionen i universitetsloven fra 2003. Kritikken afvises af Venstres videnskabsordfører Torsten Schack Pedersen, der påpeger, at forskningen foregår for samfundets skyld, og at regeringen forsøger at koordinere indsatsen, så ressourcerne udnyttes rigtigt.