Det kan få alvorlige konsekvenser for den kollektive trafik, når rejsekortet bliver indført, vurderer trafikforsker Per Homann Jespersen fra RUC. Det bliver nemlig dyrere for pendlere at rejse, og den kollektive trafik i Danmark er ifølge Per Homann Jespersen allerede dyrere end i stort set alle andre lande. Derfor kan det resultere i, at mange holder op med at bruge den kollektive trafik, med mindre staten støtter projektet med "nogle hundrede millioner kroner ekstra i tilskud om året". Ifølge transportminister Lars Barfoed (K) vil de, der rejser meget, komme til at betale mere, når rejsekortet indføres, men til gengæld kommer andre til at betale mindre, og han ser derfor ikke nogen grund til, at staten skal yde særlig støtte til pendlerne.