Forskningsfriheden på universiteterne er i fare. Det mener flere af universiteternes bestyrelsesformænd på baggrund af, at Videnskabsministeriet har opstillet håndfaste mål for, hvad de 12 universiteter skal forskes i. Vigtige forskningsområder får måske lov til bare at ligge, siger biskop Kjeld Holm, der er bestyrelsesformand for Danmarks Pædagogiske Universitet. Videnskabsminister Helge Sander siger, at han vil ruste universiteterne til globaliseringen. Formand for universitetsforskerne i Dansk Magisterforening Leif Søndergaard mener, at flere universiteter har følt sig tvunget til at rette forskningen ind efter statens ønsker. Dansk Handel & Service mener dog, at universiteterne klynker. De må indse, at de ikke er isolerede øer i samfundet, og at samfundet har en legitim interesse i, at milliarder af støttekroner bruges fornuftigt, mener DHS. Men videnskabs- og forskningsordfører Rasmus Prehn (S) siger, at man ikke bør fratage universiteterne kompetence til selv at bestemme i detailområder.